W FM 2006 jest dość spory błąd. Otóż, wiadomo, że jak Puchar Polski wygra drużyna, która w lidze osiągneła już promocje do gry w europejskich pucharach, to dostaje ją następna drużyna w lidze. W FM promocje do gry w europejskich pucharach dostaje drugi (przegrany) zespół, który brał udział w finale pucharu. Nie wiadomo może, czy ten błąd usunie najnowszy patch, a może można to naprawić ręcznie ...