Sam Ter stwierdził, że upodobnienie pod każdym względem obu wersji Football Managera 2006 jest w obecnej chwili technicznie nie możliwe. Obie gry będą podobne tylko w niektórych elementach, które udało się wiernie odwzorować. Nie jest ich w sumie aż tak wiele. Wiadomo, że na pewno nie będzie trybu 2D w FM 2006 PSP. Nie jest pewna również ilość lig zawartych w grze. Na dzień dzisiejszy – jak stwierdził Miles Jacobson – będzie ich na pewno 6. Czy tylko 6, tego nie jest w stanie powiedzieć. Prawdopodobnie nie są to ostatnie ograniczenia wersji konsolowej – mówi się o dużo mniejszej bazie danych oraz, co bardziej niepokojące, o ograniczonej długości gry, choć akurat to wydaje się mrzonką.