Linux jest nowoczesnym, wielozadaniowym, wieloużytkownikowym systemem operacyjnym. Pod względem wydajności, szybkości i stabilności śmiało konkuruje z kosztownymi komercyjnymi systemami operacyjnymi takimi jak Windows czy Mac. Nie dziwi więc, że zyskuje on coraz większe grono użytkowników. Powstaje coraz więcej wszelakiego rodzaju programów które mają swoje Linuxowe wersje. Niestety, wśród nich nie ma Football Managera. Sports Interactive już przy okazji FM 2005 zapowiedziało, że nie ma planów stworzenia gry właśnie pod ten system operacyjny., choć z całą pewnością nie można tego wykluczyć. W tym samym czasie SI ogłosiło również, że gra nie pojawi się w najbliższym czasie na inne niż PC/Mac platformy. A jednak – dziś wiemy, że zarówno zwolennicy Xbox 360 jaki i Sony PSP będą mogli skorzystać z FM 2006. Powodów do radości nie dostała jednak, bodaj największa po pecetowacach, grupa użytkowników, która korzysta z darmowego i niezawodnego Linuxa. SI nie zmieniło swojego zdania i po raz kolejny powiedziało stanowcze „nie!” dla tego rodzaju wersji Managera. Nie padł przy tym praktycznie żaden konkretny argument za taką decyzją oprócz tych całkowicie błahych. Po stylu wypowiedzi programistów wydaje się, ze prędzej Polska zagra na Mistrzostwach Europy niż FM trafi na Linuxy. Pozostają więc tylko alternatywne rozwiązania jak różnego rodzaju emulatory, czy też programy tworzące wirtualne komputery na naszych dyskach. Wśród nich – jak wynika z testów przeprowadzonych przez użytkowników Forum SI – najlepiej sprawdził się VMWARE i to jego polecono jako wyjście z tej patowej sytuacji dla tych graczy, którzy chcąc zagrać w Managera muszą przełączać systemy operacyjne.