Marc Vaughan przyznaje, że nawet dla doświadczonych „wirtualnych managerów” FM 2006 okazać się może trudniejszy od poprzedniej wersji. Jest to spowodowane przede wszystkim zmianami w enginie gry oraz pojawieniem się nowych opcji. Pomysły na odnoszenie sukcesów z FM 2005 mogą nie odnosić już takiego sukcesu w najnowszej wersji managera. Wszystko dlatego, że teraz więcej elementów (np. rozmowy z piłkarzami w przerwie meczu) ma wpływ na wyniki drużyny, a część tych już znanych została poddana zmianą (np. system treningowy, czy engine meczowy). Tak naprawdę powinniśmy się z tego cieszyć, gdyż podniesienie poziomu trudności gry oznacza również zwiększenie jej realizmu, a z tego wszyscy prawdziwi fani managerów piłkarskich będą bardzo usatysfakcjonowani.