Od dawna spekulowano czy i jakie nowe ligi pojawią się w Football Managerze 2006. Szefowie SI zachowywali jednak dystans i nie ujawniali żadnych informacji na ten temat zasłaniając się brakiem konkretów w sprawie uzyskania nowych licencji. Najwięcej szans dawano mieszkańcom „kraju kwitnącej wiśni”, czyli Japonii, ponieważ tamtejsza J-League od dawna puka do drzwi bazy danych Football Managera. Niestety, i tym razem nikt tych drzwi nie otworzy, ponieważ ani japońskiej ekstraklasy ani innych nowych rozgrywek ligowych w kolejnej odsłonie gry nie będzie. Prawdopodobną przyczyną są zapewne wspomniane licencje, które nie od dziś są jedną z największych bolączek twórców Managera. Szkoda, że przy braku uzyskania pozwoleń na dodanie całkiem nowych rozgrywek SI i SEGA nie zdecydowały się chociażby na wyczekiwaną III ligę polską – tu na pewno nie byłoby problemów z licencjami.