Ułatwienie i ogólnie usprawnienie konfiguracji reżimów treningowych w FM 2006 z pewnością nastąpiło i co do tego nie może być wątpliwości. Czy jest to już jednak system idealny? Wielu fanów serii dopiero teraz zaczęło zwracać uwagę na ten aspekt gry. Stał się on bardziej przystępny i okazało się, że tworzenie i edycja odpowiednich ustawień treningu może być równie ciekawe i przyjemne, jak czynienie podobnych zmian w taktyce zespołu. Ciągle jednak sporo graczy nie potrafi, bądź nie chce, dokonywać zmian w reżimach treningowych. Wtedy, jak informuje Neil Dejyothin, jeden z programistów SI, treningiem automatycznie zaczyna zajmować się nasz asystent, a jego efekty powinny być dla większości bardziej 'leniwych' fanów zadowalające. Poza tym na poprawę umiejętności naszych graczy wpływa nie tylko odpowiedni reżim, ale też chociażby jakość bazy treningowej, jej rozbudowanie więc również powinno spowodować większe możliwości rozwojowe zawodników. Podobnie zresztą jak zatrudnianie nowych, lepszych trenerów oraz pozbywanie się niepotrzebnych piłkarzy, którzy mało grają, a na treningu absorbują uwagę sztabu szkoleniowego i nie pozwalają na taki rozwój graczy pierwszoplanowych, jaki byśmy sobie życzyli. Jak więc widać twórcy gry starali się pomyśleć o wszystkim i w dużej części się im to udało. Trening jest znacznie prostszy w konfiguracji i choć niektórym wciąż sprawia problemy chyba nikt nie zaprzeczy, że jest to krok w dobrym kierunku.