Aktualnie wybór lig jest jednorazowy, decyzje podejmujemy na początku gry i praktycznie nie mamy możliwości jej późniejszej zmiany. Im mniej lig załadowanych, tym FM działa szybciej, co jest szczególnie ważne przy długich karierach. Minusem jest dużo mniejsza baza danych oraz ogólnie ograniczony realizm rozgrywki. Sports Interactive zostawiło możliwość małych zmian poprzez użycie plików EDT oraz DDT, jednak ta droga jest dość skomplikowana. W związku z tym gracze wręcz domagają się stworzenia możliwości dodania jakiejś ligi lub lig podczas rozgrywki, gdyby na przykład w 2010 roku naszła nas ochota na grę w Szwecji. Programiści wielokrotnie zapowiadali, że umożliwienie takiej operacji wymaga ogromnych zmian w kodzie gry i jest to jak na razie odległa przyszłość. Okazuje się jednak po ostatnich wypowiedziach, że już w Football Manager 2006 będzie można dodać ligę. Jak zapowiedział Ter, do spółki z Joe O`Reilly jeżeli czas i możliwości techniczne pozwolą to rzeczywiście ta nowość znajdzie się w kolejnej odsłonie FM, co jest z pewnością bardzo dobrą wiadomością. Mimo wszystko trzeba do tych informacji podejść z pewną rezerwą i czekać na bardziej konkretne zapowiedzi ze strony twórców gry.